Wertschöpfungssysteme sind komplexe Netzwerke, die überregional und branchenübergreifend miteinander verflochten sind. Im zweiten Schritt des Nachhaltigkeitschecks wird das Wertschöpfungssystem mithilfe des analytischen Fokus eingegrenzt, um den Bereich des Wertschöpfungssystems zu isolieren, in dem die festgelegte Zielgröße wirksam ist. Neben dem analytischen Fokus fließen in die Eingrenzung weitere Ziele der Anwender*innen ein. Die Vorgehensweise wird im Folgenden beschrieben.

Als erste Abgrenzung liegt die Bioökonomie als grundlegendes Wirtschaftskonzept in der Natur dieses Checks. Alle Komponenten und Beziehungen innerhalb des zu untersuchenden Wertschöpfungssystems hängen daher direkt oder indirekt mit der Nutzung biobasierter Ressourcen und Prozesse zusammen. Das Wertschöpfungssystem beschränkt sich in diesem Zusammenhang nicht ausschließlich auf die Erzeugung und Verarbeitung von Biomasse, sondern bezieht auch damit verbundene Dienstleistungen, Forschungs- und Entwicklungsaktivitäten mit ein.